Методология за семеен анализ
Модулът на Helena за семеен анализ извежда доказателства от семейния контекст при три типа конфигурации: трио (пробанд с двамата родители), дуо (пробанд с един родител) и пробанд с брат или сестра. Методологията следва спецификациите на ClinGen SVI 2018 за критериите PS2/PM6 при de novo варианти (PMID: 29543229), подхода на Jarvik & Browning 2016 за LOD оценка на сегрегацията (PMID: 27236918) и скалата за тежест на PP1 по ClinGen SVI 2021 при интерпретация на косегрегация. Всеки праг и референтен източник са документирани за пълна проследимост при одит.
Семейният анализ не извършва повторно откриване на варианти. Helena получава предварително класифицирани VCF файлове от лабораториите-източници чрез услугата за анализ на варианти (Variant Analysis Service) и работи изцяло със съхранените класификации. Семейният контекст служи единствено за извеждане на допълнителни доказателства, основани на семейната структура, които обогатяват съществуващата класификация по ACMG/AMP 2015.
Съдържание
Преглед на процеса
Процес от седем стъпки - от валидация на семейния състав до извеждането на обогатени доказателства. Типичното време за обработка е 75-130 секунди за пълно трио със съвместен VCF файл, или 45-70 секунди, когато не е поискан контрол на качеството на пробите.
Получаване на предварително класифицирани варианти от членовете на семейството
~5sФайловете с класифицирани варианти за всеки член на семейството преминават проверка за съвпадение на схемата. Ако наборите от колони се различават между членовете, семейният анализ спира и изисква повторно класифициране със същата версия на класификатора в услугата за анализ на варианти. Така ACMG сравненията между членовете на семейството остават съгласувани.
Обединяване на семейните варианти по геномна позиция
~15-25sВариантите от всеки член на семейството се обединяват по хромозома, позиция, референтен алел и алтернативен алел в единен набор от данни на ниво семейство. Запазват се генотипите, стойностите за качество и ACMG класификациите за всеки член, заедно с позиционните метаданни. Запазват се вариантите, налични при който и да е член на семейството, което дава възможност и за преглед на родителските варианти за откриване на менделски грешки.
Контрол на качеството на пробите чрез PLINK IBD
~30-60sКогато е предоставен съвместен VCF файл с няколко проби, PLINK 1.9 изчислява пропорциите на Identity-by-Descent (IBD; идентичност по произход) за всяка двойка декларирани членове на семейството. Размяната на проби, кръвното родство и неочакваните родствени връзки се оценяват и резултатите се представят на клиничния специалист. Стъпката се пропуска, когато няма съвместен VCF файл.
Откриване на de novo варианти със степенуване на достоверността
~14-17sВсеки вариант на пробанда получава ниво на достоверност, което отразява качеството на родителските генотипи, дълбочината на секвениране и извода за наличие на хромозомата при родителите. Полученото ниво определя дали се прилага PS2 (висока достоверност) или само подкрепящо доказателство (по-ниски нива) по ClinGen SVI 2018.
Откриване на съставна хетерозиготност
~10-15sВ рамките на всеки ген се оценяват двойки кандидат-варианти за наличие на in trans конфигурация, като родителските генотипи са естествен източник за определяне на фазата. Броят на вариантите на ген е разумно ограничен, за да се контролира комбинаторната сложност при големи гени като TTN и MUC16.
Оценяване на косегрегация (LOD за всеки вариант)
~5-10sLOD стойностите за всеки вариант се изчисляват по подхода на Jarvik & Browning 2016 и се коригират според фенотипната специфичност по ClinGen SVI 2021. Всеки вариант попада в едно от петте нива на тежест, от неопределена до много силна.
Доставяне на обогатени доказателства за клиничен преглед
<2sОбобщението на доказателствата, отчетът за контрола на качеството на пробите и анотациите за унаследяване на всеки вариант се предоставят на клиничния специалист. При всяко изпълнение на анализ версиите на алгоритъма се записват без възможност за последваща промяна - за регулаторна проследимост.
Семейни състави
Семейният анализ поддържа четири типа състав. Пробандът трябва винаги да е обозначен като засегнат. Съставът на семейството се проверява преди започване на анализа; недостатъчните състави се отхвърлят със съобщение за грешка, разбираемо за клиничния специалист, вместо да се генерират непълни резултати.
| Състав | Изискване | Обхват на анализа |
|---|---|---|
| Пълно трио | Пробанд, майка и баща | Оптимален състав; приложими са трите анализа за унаследяване |
| Дуо | Пробанд и един родител | Намалена достоверност; възможно е откриване на съставна хетерозиготност, но не и на de novo варианти |
| Пробанд с брат или сестра | Пробанд със засегнат или незасегнат брат/сестра | Доказателства за косегрегация чрез статуса на засегнатост на брат или сестра |
| Само пробанд | Само пробанд (без родственици) | Недостатъчен; семеен анализ не се изпълнява |
Пробандът е засегнатото лице, което се изследва. Множество пробанди в едно семейство не се поддържат в текущата версия. Съставът се проверява преди започване на анализа; недостатъчните състави се отхвърлят със съобщение за грешка, разбираемо за клиничния специалист, вместо да се генерират непълни резултати.
Контрол на качеството на пробите (PLINK IBD)
Преди започване на анализа за унаследяване, Helena проверява дали декларираните родствени връзки в семейството съответстват на геномните данни. Откриването на размяна на проби е критична клинична проверка за безопасност: погрешно означена проба води до невалидни доказателства за унаследяването, независимо от алгоритмичната коректност на следващите стъпки.
Метод
PLINK 1.9 изчислява пропорциите на IBD за всяка двойка от декларираните членове на семейството, като използва биалелни единичнонуклеотидни варианти с честота на по-рядкия алел поне 0,05 и липсваща информация най-много 5 процента. Очакваната IBD за двойките родител-дете е около 0,50; очакваната IBD за несвързаните родители е под 0,10. Отклоненията извън дефинираните прагове задействат предупреждения, които се представят на клиничния специалист.
Типове предупреждения
Размяна на проби
Декларирана двойка родител-дете с PI_HAT (показател за дела на споделените алели по произход) под 0,40. Анализът се прекъсва; клиничният специалист трябва да провери означенията на пробите, преди да стартира повторно анализа.
Дублирана проба
Декларирана двойка родител-дете с PI_HAT над 0,70, което показва вероятно дублиране на проба или изключително близко кръвно родство. Анализът продължава; извежда се предупреждение.
Кръвно родство
Декларирани несвързани родители с PI_HAT над 0,125 (роднини от трета степен или по-близки). Анализът продължава; извежда се предупреждение за клиничната интерпретация.
Откриване на de novo варианти
De novo вариантите възникват в зародишните клетки на единия родител или в постзиготния период при пробанда и отсъстват от двата родителски генома. Откриването им зависи от достоверни hom_ref (хомозиготни референтни) генотипи при родителите в позицията на варианта. Helena прилага степенувана оценка на достоверността, която показва силата на извода за de novo произход, вместо да дава бинарно решение.
Задействани ACMG критерии
ACMG/AMP 2015 (Richards et al., PMID: 25741868) дефинира PS2 (Strong, силно доказателство) за потвърдени de novo варианти с верифицирано майчинство и бащинство и PM6 (Moderate, умерено доказателство) за предполагаеми de novo варианти без потвърждение. Спецификацията на работната група ClinGen SVI (Sequence Variant Interpretation; Biesecker & Harrison 2018, PMID: 29543229) уточни тези критерии, като раздели нивата на достоверност и предостави указания за прилагане.
Приложимост
Откриването на de novo варианти изисква пълно трио. При дуо анализ (пробанд с един родител) не могат да се задействат PS2 или PM6, тъй като de novo произходът изисква достоверни hom_ref доказателства от двамата родители. При дуо анализ всички варианти на пробанда получават класификация „неприложима за de novo“, а доказателствата за унаследяване се извеждат от съставната хетерозиготност и косегрегацията.
Степенувана оценка на достоверността
Всеки кандидат de novo вариант се отнася към едно от три нива на достоверност, плюс две специални състояния — „изключен“ и „неприложим“. Високото ниво подкрепя прилагането на PS2; по-ниските нива се извеждат като подкрепящи доказателства за преценка от клиничния специалист.
Висока достоверност
Двамата родители отговарят на строгите прагове за дълбочина на секвениране и качество на генотипа в позицията на варианта и имат достоверни hom_ref генотипи. Подкрепя прилагането на PS2 (Strong) по ClinGen SVI 2018.
Ниска достоверност
Поне един родител има покритие под прага, качество на генотипа под препоръчителните нива или непотвърдено наличие на хромозомата. Вариантът се извежда за ръчна интерпретация от клиничния специалист; PS2 не се прилага автоматично.
Изключен
Вариантът присъства поне при единия родител (родителският генотип не е hom_ref). De novo произходът е изрично отхвърлен.
Проверка за наличие на хромозомата
Предварително класифицираните файлове съдържат само позиции с варианти. Липсващите редове условно се тълкуват като hom_ref. За да разграничи достоверния извод за hom_ref от подозрителната липса, Helena проверява дали данните на родителя съдържат поне няколко варианта на същата хромозома като кандидата. Ако да - хромозомата е секвенирана и липсата подкрепя извода за hom_ref. Ако не - покритието е неясно и достоверността пада до по-ниско ниво.
chrY при майки
Майките биологично не носят chrY. Липсата на варианти на chrY в данните на майката е очаквана, а не пропуск в покритието. Проверката за наличие на хромозомата отчита това изключение, за да не бъдат излишно понижени вариантите на пробанда от chrY.
chrM при бащиния принос
Митохондриалната ДНК се унаследява по майчина линия; бащините митохондрии се разграждат по време на оплождането. Липсата на варианти на chrM в бащините данни е очаквана. Проверката изключва покритието на бащиния chrM от изчисленията на достоверността, за да отрази тази биологична особеност.
Изключения
Следните ситуации се изключват от интерпретацията за de novo произход или водят до понижаване към по-ниски нива на достоверност:
Варианти, присъстващи поне при единия родител, се изключват изрично; de novo произходът е отхвърлен.
Мозаечните de novo варианти под прага на откриване в родителските проби могат погрешно да се класифицират като de novo. Клиничната интерпретация трябва да отчете мозаечността, когато фенотипът я подсказва.
Региони с известно нискокачествено генотипиране при родителите (зони с ниска сложност, сегментни дупликации) могат да дадат покритие под прага и да понижат достоверността.
Варианти на родителски позиции (присъстващи при родител, но не при пробанда) не са кандидати за de novo по дефиниция и се изключват от de novo класификацията.
Съставна хетерозиготност
Съставната хетерозиготност е рецесивен механизъм, при който пробандът носи два различни хетерозиготни патогенни варианта в един и същ ген, всеки наследен от различен родител. Данните от трио осигуряват естествено определяне на фазата чрез унаследяването, превръщайки оценката от косвени данни в окончателно установена конфигурация.
Биологична обосновка
При автозомно-рецесивните заболявания патогенността изисква двуалелно нарушение. Два хетерозиготни варианта в in trans конфигурация (по един от всеки родител) водят до функционално инактивиране на гена, подобно на ефекта от хомозиготен вариант със загуба на функция. При анализ само на пробанд с цялостно екзомно или геномно секвениране фазата не може да бъде определена без данни от родителите или дългочетящо секвениране. Данните от трио запълват тази празнина.
Задействан ACMG критерий
ACMG/AMP 2015 (Richards et al., PMID: 25741868) дефинира PM3 (Moderate, умерено доказателство): „Открит in trans с патогенен вариант при рецесивни заболявания.“ Кандидатите за съставна хетерозиготност в in trans конфигурация с достоверно класифициран партньор допринасят за прилагането на PM3.
Методология за определяне на фазата
Ако пробандът е хетерозиготен за варианта A и за варианта B в един и същ ген, като вариантът A е наследен от майката (майката е хетерозиготна, бащата е с референтен алел), а вариантът B е наследен от бащата (огледална конфигурация), то A и B са в in trans конфигурация. Това е окончателно установена съставна хетерозиготност. Когато данните за родителските генотипи са непълни (покритие под прага, липсващо наличие на хромозомата), Helena извежда кандидата с по-ниска достоверност и изрично посочена причина, вместо да дава бинарно решение.
Филтриране по последици на варианта
Кандидат-вариантите се ограничават до клинично значими типове последици. Интронни варианти, отдалечени от сплайс-сайтове, синонимни варианти без ефект върху сплайсинга и варианти в съседство на UTR региони се изключват от оценката за съставна хетерозиготност.
Включени последици
missense_variant
stop_gained
stop_lost
frameshift_variant
inframe_insertion
inframe_deletion
splice_donor_variant
splice_acceptor_variant
splice_region_variant
start_lost
initiator_codon_variant
Изключени последици
intron_variant
downstream_gene_variant
upstream_gene_variant
synonymous_variant
Разумно ограничение от 50 кандидат-варианта на ген предпазва от комбинаторна експлозия в големи гени като TTN, MUC16 и SYNE1. Преди прилагане на ограничението вариантите се подреждат по ACMG тежест (P > LP > VUS > LB > B) и стойност на достоверността, така че се запазват кандидатите с най-висок приоритет.
Кандидати с множество партньори
Когато вариант има няколко потенциални партньора за съставна хетерозиготност в същия ген, Helena избира един основен партньор детерминистично и обозначава състоянието с множество партньори, за да го забележи клиничният специалист. Той вижда, че съществуват допълнителни партньорски варианти, и може да разгледа всяка двойка поотделно. Така се избягва скрита двусмислица и се запазва правото на специалиста да взема клиничното решение.
Оценяване на косегрегация (LOD)
Косегрегацията на кандидат-вариант с фенотипа между членовете на семейството дава количествени доказателства за патогенност. Helena прилага класическия LOD подход на Jarvik & Browning 2016 (PMID: 27236918) с корекция според фенотипната специфичност по препоръките на работната група ClinGen SVI (2021).
LOD формула
LOD стойностите за всеки вариант се изчисляват по подхода на логаритъма на отношенията на правдоподобие (logarithm-of-the-odds), описан в Jarvik & Browning 2016. Всяко информативно мейотично събитие, съвместимо с хипотезата за унаследяване, допринася положително; всяко нарушение - отрицателно; неинформативните мейози не допринасят. Математическата формула е описана подробно в цитираната публикация и не се възпроизвежда тук.
Поддържани хипотези за унаследяване
Helena изчислява LOD стойности за следните типове унаследяване. Когато хипотезата за унаследяване не е зададена, оценяването на сегрегация не се извършва и тежестта за съответния вариант се отбелязва като „неприложима“; това е документирано съгласно Опция A от спецификацията за имплементация.
Скала на тежестта на доказателствата с пет нива
Непрекъснатата LOD стойност се преобразува в едно от пет нива на тежест на доказателствата по препоръките на ClinGen SVI 2021. Всяко ниво съответства на ACMG модификатор на тежестта, приложен към критерия PP1 (косегрегация).
| Ниво на тежест | LOD диапазон | ACMG точки | ACMG тежест |
|---|---|---|---|
| indeterminate | [0.0, 0.5) | 0 | -- |
| supporting | [0.5, 2.0) | 1 | PP1_Supporting |
| moderate | [2.0, 3.0) | 2 | PP1_Moderate |
| strong | [3.0, 5.0) | 4 | PP1_Strong |
| very_strong | [5.0, inf) | 8 | PP1_VeryStrong |
Множител за фенотипна специфичност
По препоръките на ClinGen SVI 2021, LOD стойността се намалява с множител, който отразява фенотипната специфичност. Силно специфичните фенотипове (синдромни, характерни за един ген) получават пълна тежест; широките фенотипове (чести, с няколко възможни гена) получават половин тежест; неуточнените фенотипове получават четвърт тежест като консервативна стойност по подразбиране.
specific
x1.0
broad
x0.5
unspecified
x0.25
Математически таван при анализ само на трио
Анализът на трио предоставя най-много две информативни мейози (от майката към пробанда и от бащата към пробанда). Според Таблица 2 на Jarvik & Browning това дава теоретичен LOD таван от около 0,6 преди прилагане на множителя за специфичност, и около 0,3 в типичния случай с неуточнен фенотип. Повечето реални случаи с трио попадат в нивата „неопределена“ или „подкрепяща“. За постигане на нивата „силна“ или „много силна“ е необходим анализ на разширено родословно дърво с няколко засегнати членове от различни поколения. Helena документира този таван изрично във всеки резултат от трио анализ - като израз на научна честност, а не на маркетингова амбиция.
Обобщение на доказателствата за клиничен преглед
След като всички фази приключат, Helena предоставя структурирано обобщение на доказателствата заедно с анотациите за унаследяване на всеки вариант. Клиничният специалист получава следната информация за всеки завършен анализ:
Брой кандидат de novo варианти по ниво на достоверност (брой за нивата „висока“, „ниска“ и „изключен“).
Брой оценени двойки кандидат-варианти за съставна хетерозиготност, заедно с разпределение по гени на вариантите с определени партньори и случаите с множество партньори.
Разпределение на LOD стойностите по нивата на тежест (брой за „неопределена“, „подкрепяща“, „умерена“, „силна“ и „много силна“), максимална наблюдавана LOD стойност и средна LOD стойност за оценените варианти.
Резултати от контрола на качеството чрез PLINK IBD, когато е предоставен съвместен VCF файл: PI_HAT стойности за всяка двойка, задействани предупреждения (размяна на проби, дублирана проба, кръвно родство) и версия на PLINK за нуждите на одита.
Версии на алгоритъма, използвани за конкретното изпълнение на анализа, записани без възможност за промяна, така че клиничният специалист винаги знае точно коя версия е генерирала всеки резултат.
Архитектура на методологията
Два архитектурни принципа определят семейния анализ: максимално вярно използване на класификациите от лабораториите-източници и еднократно записване на версиите на алгоритъма за регулаторна проследимост.
Максимална вярност без повторно откриване
Helena не извършва повторно откриване на варианти и не прави локално анотация чрез Variant Effect Predictor (предиктор на ефекта на варианти). Предварително класифицираните файлове от лабораториите-източници се приемат като меродавни и запазват пълния ACMG класификационен контекст. Този подход има три оперативни предимства: лабораториите партньори запазват пълен контрол върху суровите данни от секвениране; анализът е бърз (обикновено 75-130 секунди за пълно трио); и ACMG контекстът преминава през семейния модул непроменен, като доказателствата за унаследяване се наслагват, вместо да се преизчисляват.
Еднократно записване на версиите на алгоритъма
Етикетите за версиите на алгоритъма (съвместно откриване на варианти, de novo алгоритъм, сегрегационен алгоритъм, алгоритъм за контрол на качеството на пробите) се записват при създаването на всеки анализ и не могат да бъдат променяни след това. Това гарантира научна възпроизводимост и регулаторна проследимост: когато клиничният специалист прегледа завършен анализ, винаги знае точно коя версия на алгоритъма е генерирала всеки резултат, независимо от следващи обновявания на платформата.
Референтни инструменти и бази данни
gnomAD v4.1.0 (joint genomes + exomes)
~759M variants for de novo expectation calibration
Източник: Broad Institute
DeepTrio
Reference-quality joint trio caller
Източник: Google Health
GLnexus
Joint genotyping for separate per-sample VCFs
Източник: Broad Institute / DNAnexus
MANE Select v2.0
19,354 transcripts (canonical reference for HGVS)
Източник: NCBI / EMBL-EBI / MANE Consortium
Отличителни характеристики на Helena
Какво добавя Helena към публичните стандарти. Всяка характеристика е публично документирана; стойността е в дисциплинираната интеграция, а не в алгоритмични новости, скрити от клиничен контрол.
Подход с максимална вярност без повторно откриване
Helena приема предварително класифицирани файлове с варианти от лабораториите-източници без повторно откриване или повторна анотация. Лабораториите запазват контрол върху суровите данни; не се изисква прехвърляне на BAM или CRAM файлове. ACMG класификационният контекст се запазва изцяло в семейния модул.
Степенувана оценка на достоверността при de novo варианти
Вместо да дава бинарно решение за de novo произход, Helena отнася всеки кандидат-вариант към ниво на достоверност, което отразява качеството на родителските данни. Нивото показва силата на извода пред клиничния специалист, вместо да представя фалшиво абсолютно заключение. PS2 се прилага автоматично само при висока достоверност; по-ниските нива се извеждат като подкрепящи доказателства за преценка от специалиста.
Защити, отчитащи хромозомата
Проверката за наличие на хромозомата разграничава достоверния извод за hom_ref от подозрителната липса, като проверява дали родителските данни покриват хромозомата на кандидата. Изключенията, отчитащи пола (chrY при майки, chrM при бащиния принос), предотвратяват фалшиво понижаване на достоверността, дължащо се на биологично очаквана липса, а не на пропуски в покритието.
Честно представяне на LOD тавана
Анализът само на трио има математически LOD таван от около 0,3 (две информативни мейози, след корекция според специфичността). Helena документира този таван изрично във всеки резултат от трио анализ. Повечето случаи с трио попадат в нивата „неопределена“ или „подкрепяща“; за силни и много силни доказателства е необходимо разширено родословно дърво. Тази честна научна позиция е за предпочитане пред маркетинговите амбиции, които надценяват възможностите.
Еднократно записване на версиите на алгоритъма за регулаторна възпроизводимост
Етикетите за версиите на алгоритъма се записват без възможност за промяна при създаването на анализа. Следващите обновявания на платформата не променят със задна дата завършени анализи. Клиничният специалист винаги знае точно коя версия е генерирала даден резултат, което поддържа както научната възпроизводимост, така и изискванията за акредитационен одит.
Ограничения
Честно описание на това, което семейният анализ не може да направи. Изброяването на ограниченията изгражда клинично доверие; прикриването им го разрушава.
Анализът само на трио има LOD таван от около 0,3 (две информативни мейози). За силни и много силни доказателства за косегрегация е необходим анализ на разширено родословно дърво с няколко засегнати членове от различни поколения.
Откриването на de novo варианти изисква пълно трио. При дуо анализ (пробанд с един родител) не могат да се задействат PS2 или PM6, тъй като са необходими достоверни hom_ref доказателства от двамата родители.
Съставната хетерозиготност при дуо анализ е с намалена достоверност, защото определянето на фазата се основава на генотипни данни само от един родител.
Мозаечните de novo варианти под прага на откриване в родителските проби могат погрешно да се класифицират като de novo. Клиничната интерпретация трябва да отчете мозаечността, когато фенотипът я подсказва.
Контролът на качеството чрез PLINK IBD изисква съвместен VCF файл с няколко проби от лабораторията. Когато съвместното откриване на варианти не е направено предварително, контролът на качеството на пробите не може да се изпълни и съответните предупреждения не се задействат.
Структурните варианти и вариантите в броя на копията (CNV) не се обработват в текущата версия. Семейният анализ работи само върху единичнонуклеотидни варианти и малки инсерции или делеции.
Семействата с множество пробанди (повече от едно засегнато лице, обозначено като пробанд) не се поддържат в текущата версия и са отложени за бъдеща работа.
Резултатите винаги трябва да се интерпретират в контекста на клиничната картина на пациента, фамилната анамнеза и другата налична клинична информация. Доказателствата от семейния анализ обогатяват, но не заменят, експертната клинична преценка.
История на версиите
Издадени версии на модула за семеен анализ. Всяка версия документира своя обхват и стандартите, на които се основава.
Първа публична версия на модула за семеен анализ.
Спецификация на ClinGen SVI 2018 за прилагане на PS2 и PM6 при de novo варианти (PMID: 29543229).
Степенувана оценка на достоверността при de novo варианти („висока“, „ниска“, „изключен“, „неприложим“) с проверка за наличие на хромозомата и изключения, отчитащи пола.
Откриване на съставна хетерозиготност с определяне на фазата по данни от трио и разумно ограничение от 50 варианта на ген.
Оценяване на косегрегация чрез LOD по подхода на Jarvik & Browning 2016 (PMID: 27236918) с множител за фенотипна специфичност по ClinGen SVI 2021.
LOD скала на тежестта на доказателствата с пет нива („неопределена“, „подкрепяща“, „умерена“, „силна“, „много силна“), съответстваща на нивата на ACMG модификатора за PP1 по ClinGen SVI 2021.
Контрол на качеството на пробите чрез PLINK 1.9 IBD с предупреждения за размяна на проби, кръвно родство и дублиране.
Еднократно записване на версиите на алгоритъма за регулаторна възпроизводимост.
Литература
Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology.
Genetics in Medicine. 2015;17(5):405-424.
PMID: 25741868Biesecker LG, Harrison SM; ClinGen Sequence Variant Interpretation Working Group. The ACMG/AMP reputable source criteria for the interpretation of sequence variants.
Genetics in Medicine. 2018;20(12):1687-1688.
PMID: 29543229Abou Tayoun AN, Pesaran T, DiStefano MT, Oza A, Rehm HL, Biesecker LG, Harrison SM. Recommendations for interpreting the loss of function PVS1 ACMG/AMP variant criterion.
Human Mutation. 2018;39(11):1517-1524.
PMID: 30192042Jarvik GP, Browning BL. Consideration of cosegregation in the pathogenicity classification of genomic variants.
American Journal of Human Genetics. 2016;98(6):1077-1081.
PMID: 27236918Walker LC, Hoya M, Wiggins GAR, Lindy A, Vincent LM, Parsons MT, et al. Using the ACMG/AMP framework to capture evidence related to predicted and observed impact on splicing: Recommendations from the ClinGen SVI Splicing Subgroup.
American Journal of Human Genetics. 2023;110(7):1046-1067.
PMID: 37352859Veltman JA, Brunner HG. De novo mutations in human genetic disease.
Nature Reviews Genetics. 2012;13(8):565-575.
PMID: 22781750Kolesnikov A, Goel S, Nattestad M, Yun T, Baid G, Yang H, et al. DeepTrio: variant calling in families using deep learning.
bioRxiv. 2021.
DOI: 10.1101/2021.04.05.438434Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MA, Bender D, et al. PLINK: a tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses.
American Journal of Human Genetics. 2007;81(3):559-575.
PMID: 17701901Manichaikul A, Mychaleckyj JC, Rich SS, Daly K, Sale M, Chen WM. Robust relationship inference in genome-wide association studies.
Bioinformatics. 2010;26(22):2867-2873.
PMID: 20926424McCormick EM, Lott MT, Dulik MC, Shen L, Attimonelli M, Vitale O, et al. Specifications of the ACMG/AMP standards and guidelines for mitochondrial DNA variant interpretation.
Human Mutation. 2020;41(12):2028-2057.
PMID: 33058415Интегрирайте семейно-ориентираната интерпретация на варианти в клиничната си практика
Модулът на Helena за семеен анализ се интегрира с услугата за анализ на варианти (Variant Analysis Service), която вече използвате. Уговорете разговор с нашия научен екип, за да преценим доколко е подходящ за вашата лаборатория.